Después de la conquista de la ciudad por los Reyes Católicos, ordenaron que se consagrara y bendijese la mezquita mayor, dedicándola a Santa Maria de la Encarnación.
En 1488, el Cardenal Mendoza, mediante una bula del Papa Inocencio VII, procedía a la erección de la catedral malagueña. En ese mismo año, D. Pedro Díaz de Toledo, primer obispo de Málaga, publicó los estatutos de la iglesia.
Este mismo obispo mando abrir la Puerta del Perdón, pero no se labraría hasta el obispado de D. Cesar Riario (1519-1540) según parecen indicar los escudos labrados en ella.
Se construyeron asimismo nuevos altares y capillas, siendo la de San Gregorio la única que conserva algunos restos góticos.
Como el templo resultaba insuficiente para las
necesidades de la ciudad, se decidió hacer uno nuevo. En 1528 siendo
D. Bernardino de Contreras quien gobernaba en lugar del obispo Riario,
se mandó llamar al maestro toledano Enrique Egeas y al cantero Pedro López
para que revisaran los planos y le dieran su aprobación. No
se sabe quién realizó estos planos y se barajan varios nombres
al respecto; el mismo Egea, Siloé, Hernán Ruiz, o Juan Bautista
de Toledo.
Hacia 1588 el cordobés Hernán Ruiz III y cuatro años más tarde, el maestro mayor de Sevilla, Juan de Minjares, intervienen en el Coro, al cual le daría un nuevo trazado en1598, Francisco de Mora. Terminado en 1631 fue demolido posteriormente.
La sillería es su joya mas preciada y sin duda la mejor de todas las que se llevan a cabo
en España durante el siglo XVII. El ensamblaje y la decoración
de las sillas altas y bajas fueron ejecutadas por Luis Ortiz de
Vargas y José Micael. Muerto este, parece ser que el cabildo encarga
su continuación al artista granadino Alonso Cano, que sin dudas
es el autor del relieve de San Lucas, pero seria su discípulo Pedro
de Mena el que contrataría el resto de los relieves.
José Martín de Aldehuela, autor del Palacio Episcopal y de la Finca El Retiro, se encargó en 1779 de la realización de las obras de las cajas de los órganos construidos por Julián de la Orden, y costeados por el Cabildo y el obispo Molina Larios, su protector.
Las obras se paralizaron casi totalmente y no se reanudaron hasta 1719, en 1782 se suspendieron definitivamente, por lo que la torre sur, nunca se llegaría a realizar.